《多罗罗》故事讲述古日本的室町时代中叶，经历了应任、文明等动乱之后，当权的足利幕府的威信大幅的动摇，是个君不君臣不臣的时代，一名武士醍醐景光，为了出人头地，而将尚未出生的儿子献祭给48个魔神。

一出生就缺少了身上48个部位的幼儿，被狠心的父亲抛入河中，后来被名为寿光的医生所救，替他制作了义眼、义肢等补足了身上所缺乏的部位，命名为百鬼丸，并抚养他长大。由于百鬼丸的特殊体质，使得他非常容易引来恶灵，将可能危害抚育他的寿光，体验到这点的百鬼丸，于是告别了寿光，出发寻找能让自己安身之处。在寻找魔神的旅途上，百鬼丸遇到了自称大盗的疯疯癫癫的少年盗贼多罗罗，在从强盗手里救下多罗罗之后，多罗罗为了得到百鬼丸手中的宝剑而跟随他一起继续旅程。