距离电视剧《X档案》改编的第一部电影，已经有十年的时间。这次《X档案2》再次归来，探员穆德与史考莉仍是影片主角，并且两人关系也有了新的进展。

　　美国弗吉尼亚州发生多起怀孕妇女失踪案件，在当地警方与FBI调查后，最后被草草结案。穆德与史考莉这对搭档得知这起案件后，立刻深入调查，并因此发现背后的恐怖真相……

　　鉴于《X档案》系列电视剧所遗留下的伟大传统和一贯执行的保密态度，新一集电影在内容上仍然维持着相当大的隐蔽性……首先，影片在故事方面完全独立于原著电视剧之外，和任何篇章都没有一丝一毫地联系，但它同时也维系了剧集中最受好评且受人喜爱的一些特色元素，依然从FBI探员福克斯·穆尔德和达娜·斯考莉之间错综复杂的关系入手，不过这一次有所不同，他们那互相扶持又带点暧昧的相处之道会提升至一个全新的层面。惟一不变的，是穆尔德对隐藏起来的事实那不可动摇的诉求之心，至于斯考莉，这个脾气急躁却拥有着别人无法比拟的惊人智慧的医师，则是穆尔德在追求真相的道路上，不可或缺的精神与行为上的支撑，两人的命运有着解不开的紧密联系。

　　另一个重要线索出现在穆尔德那看似有超能力的儿子身上，这个于电视剧第8季中出现的角色，很可能是这一次发生的神秘事件的关键所在。