一群与生俱来就有特异功能的人士，在本身也具超人质量的X教授领军之下，成立了一支共同维护地球和平的X战警。由于X战警表现突出，每获得人类的大力喝采。

　此时，由另一特异功能人士，万磁王，所领军的邪恶战警则开始在世界掀风起浪。而一位反X战警的美国参议员，则极力要促成政府将这些所谓超人控管，并煽动人类与战警之间的冲突。 X教授（拥有举世最强的心电感应能力）不愿见到冲突扩大，所以集合充满正义感的X战警，希望能藉由X战警保护人类免受邪恶战警的威胁，进而能让人类接受X战警与其他善良的特异人士。

　　X战警小组成员包括：独眼龙（X战警的队长，可由两眼射出致命雷射光）、琴葛蕾（有心电感应、隔空取物，及瞬间移动的能力）、 R暴风女（X战警的副队长，拥有控制气候的能力）与ˉ小淘气（有著经由身体接触就能吸收对方记忆与能力的特异功能）是X战警的核心人物。他们队上来了新伙伴： 金钢狼（拥有超强的回复能力，两腕上有超合金的金钢爪）是个脾气暴躁，几乎不受控制的变种人，使X战警内部危机四伏…

　　X教授的死对头，万磁王（具有操纵磁场的超强能力）所率领的邪恶战警包括魔形女（可复制形体）、癞虾蟆（拥有超强弹力与附著力，以及长舌）、R大钢牙（拥有超人力量、坚硬如钢的爪牙与超回复能力）等，它们亟欲统治全世界，与X战警之间的征战当然会越演越烈……。

　　而誓死保卫人类的X战警，将会发现他们在尽力保卫人类之时，人类也对他们也产生了极大的恐惧，双方关系渐渐紧绷。再加上X战警得面对金钢狼一触即发的脾气，与万磁王的到处杀戮，X战警陷入了进退两难的重重危机中……。
《X战警2》的剧情延续了前作的大环境：包括富有正义感的X战警在内的变种人，在普通人的眼中，他们却代表着社会新物种对旧人类的挑战与威胁。潜藏在整个社会中的敌视心态，迫使着X教授和他的X学院，仍旧不得不在一个不信任他们的社会中挣扎求存。

　　故事开场紧接着第一集的结尾，“金刚狼”罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖(Akali Lake)工业中心；另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像；万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。从表面上看这个世界似乎渐渐回复了正常，但是X战警们没有察觉到，在这个世界的黑暗深处，新的阴谋正在悄悄临近。

　　对于变种人来说，平静的日子并从来都难以长久。在一次针对美国总统的惊天刺杀行动中，具有瞬间移动和隐性能力的新类型变种人--蓝魔鬼(Nightcrawler)的现身，不但再度引起政府和社会上对变种人的抵触情绪，更掀起了一场来势汹汹动机不纯的反变种人运动。在白宫内，一向敌视变种人威廉·史崔克将军与参议员罗伯特·凯利，正与总统筹划展开针对变种人总部X学院的武力行动。而总统身边的助手，秘密化名安妮·瑞诺德斯(Anne Reynolds)的变种人--死亡女，也有着不为人知的秘密打算。

　　X教授这边，金刚狼在艾卡里湖的调查一无所获，只有先返回X学院助阵；而具有操纵火焰能力的新X战警火人(Pyro)登场，也令X战警们士气大振。(不过，火人与X学院中小淘气(Rogue)和冰人(Iceman)之间产生的三角关系，却令老一辈的X战警有些头痛。)集合了力量的X教授希望通过自己的超能力，找到刺杀总统的新类型变种人蓝魔鬼。但是，蓝魔鬼的特殊能力使他散发出的变种人信号非常微弱，连X教授也无法找到他的确切位置，只能模糊地感觉到其人应该身处波士顿附近。