《大敦煌》采用宋代、清末和民国三个历史阶段的创作形式，以一部金字大藏经的命运为贯穿，反映了千年敦煌的形成、发展、辉煌、衰败、重生的过程。

《大敦煌》以敦煌“藏宝、夺宝、护宝”三个颇具神秘传奇色彩的故事搭建了敦煌文化辉煌、劫难、重生的三部曲结构。

　　陈家林导演形象的比喻：上部是倾国倾城的妙龄少女；中部是备遭蹂躏的柔弱少妇；下部是觉悟成熟的坚强女人。

　　《大敦煌》一部传奇色彩的历史正剧，一部优美悲壮的艺术史诗。

　　(上部)故事梗概

　　北宋仁宗景佑年间，于阗被大衣黑食灭国，于阗小公主梅朵在于阗僧人的护卫下逃往敦煌投奔姐姐珍娘，途中与一心独霸西域的西夏王李元昊相遇。李元昊窥视敦煌已久，即命部将旺荣护送梅朵一行前往敦煌，借口欲为于阗复仇，向镇守敦煌的归义军首领曹顺德提出借道的请求，令曹顺德进退维谷。

　　十年前，李元昊曾经追求曹顺德之妻珍娘，结果珍娘却嫁给了曹顺德，曹李二人可谓情敌。此番李元昊命人前来借道，显见是来者不善，曹顺德担心有借无还，深感局势危急，于是暗中向朝廷求救。无奈其时北宋正与契丹交战，根本无暇顾及西域事务，仅派翰林画师方天佑护送一部金字大藏经前往敦煌，以期借助经书之力，进一步巩固敦煌的佛都地位，令李元昊不敢轻举妄动。

　　风流倜傥的方天佑到达敦煌后，其张扬的个性与出众的才华令梅朵一见倾心，而梅朵高贵的气质与惊人的美貌亦令方天佑为之心动。没想到天性率真的旺荣也喜欢上了梅朵，且搬来李元昊亲自向曹顺德提亲。婚议未决之时，李元昊又向曹顺德提出想借金字大藏经供奉几日，在遭到曹顺德的婉拒后，李元昊突然发兵瓜州，一举拿下了由回鹘军镇守的这座维系敦煌命脉的重镇，然后向曹顺德表示，瓜州将作为旺荣迎娶梅朵的聘礼。一时之间人心震动，敦煌局势已是岌岌可危。

　　为了对付来自李元昊的威胁，在向朝廷求援没有结果后，曹顺德与方天佑商量决定采取与西域各藩结盟的策略，共同对抗李元昊。谁知西域各藩慑于李元昊的强势，均不敢与敦煌结盟，敦煌由是陷入到了孤立无援的绝境，通过梅朵与旺荣结亲联姻的方式来换取敦煌的和平便成了不得已的选择，将金字大藏经和数万卷经书深藏起来也成了当务之急。

　　为了赢得开凿藏经洞的时间，梅朵同意嫁给她并不爱的旺荣，但在新婚之夜，她却终于按捺不住对方天佑的思念而逃跑了。旺荣遍寻梅朵不得，恼怒之下，率领大军开始攻打敦煌。

　　由于曹顺德对李元昊肆无忌惮的挑衅始终采取忍让的态度，导致手下将领大失所望进而与之离心离德，结果敦煌不攻自破，曹顺德也死于部将之手。珍娘为了敦煌百姓免遭涂炭，毅然出城面见李元昊，在得到李元昊决不屠城的承诺后，从容地跳入火中自焚。

　　旺荣追到莫高窟寻找梅朵，已经失去了理智的他在佛门圣地大开杀戒，此时梅朵正与方天佑一起在莫高窟封闭最后一座藏经洞。旺荣带兵一路搜寻而来，情知无路可逃的梅朵为了保护方天佑，义无返顾地从断崖上跳了下去……

　　一望无际的沙漠中，方天佑手握一幅指示着藏经洞的《菩萨说法图》踉踉跄跄地走来，不幸却遭遇流沙。一阵狂风过后，沙漠归于宁静，似乎什么都不曾发生。

　　天空飘摇着那幅《菩萨说法图》，越飞越高。

　　远处，处于疯癫状态的旺荣抱着梅朵的尸体骑马走来，向着大漠的深处，渐行渐远……