故事的主人公是高中生侦探——工藤新一 在一次与他的青梅竹马毛利兰到游乐场约会的时候，新一看到两个黑衣人进行非法交易，因为看的太入神而被另一个黑衣人从后面击昏。那人乘机给他喂下犯罪组织新研制出来的毒药。结果新一虽然幸运的没有死，可是当他醒过来的时候居然变成了小孩的模样。 　　

　　如果让黑社会组织知道新一还活着，就又会招来杀身之祸，也会连累到身边的人，所以新一只把事情告诉了邻居阿笠博士。为了得到黑社会组织的情报，新一谎称自己是阿笠博士的远房亲戚“江户川柯南”，在博士的帮助下成功的瞒过了小兰并且寄宿到她家——毛利侦探事务所。 　　谁知小兰的父亲毛利小五郎只是个三流的糊涂侦探，所以遇到棘手的案件柯南就自己来侦破，再利用阿笠博士的发明让人以为是毛利小五郎的功绩，结果小五郎一举成为名侦探。之后在调查案件的过程当中柯南虽然有再次遇到过喂他吃下毒药的黑衣男子，也曾经短时间地变回原状，可是始终无法完全恢复原来的身体……